In 1717 ontstond in Londen de georganiseerde vrijmetselarij. In Brugge bestond de vrijmetselaarsloge “La Parfaite Egalité” die werkzaam was van 1765-1774. Tijdens de Franse Tijd werd in Brugge in 1803 de loge “La Reunion des Amis du Nord” opgericht die haar constitutie had gekregen van het Grand Orient de France. Zij werden sterk bevolkt door militairen en leden van de Franse administratie maar telden onder hun leden ook beroemde kunstenaars zoals Joseph Odevaere en Frans Kinsoen; hun schilderijen kan men nog altijd bewonderen in het Groeningemuseum. Deze voornamelijk militaire loges verdwenen respectievelijk in 1776 en 1838.
Bij de onafhankelijkheid van België werd het Grootoosten van België (GOB) opgericht. Dit is een koepel van loges (ook wel “obediëntie” genoemd) die toeziet op de werkzaamheden van de lidverenigingen. Onder deze koepel werd in 1881 La Flandre opgericht. Ze was de eerste loge in West-Vlaanderen sinds het verdwijnen van de militaire loges. Vòòr de eigenlijke oprichting in 1881 werkte ze een tijdje als geaggregeerde loge van de Loge La Liberté uit Gent (een geaggregeerde loge werkt als sub-vergadering van een “echte” loge en kan dus geen eigen leden inwijden).
De installatie vond plaats op 4 juni 1881 in de Twijnstraat. De loges La Liberté uit Gent en Les Amis Philanthropes uit Brussel traden op als peterloges. Tot eerste Achtbare Meester (voorzitter) van La Flandre werd Alfred Sarton (1845-1909) verkozen. La Flandre zou in 1885 nog verhuizen naar de Ridderstraat vooraleer uiteindelijk in 1902 in de Beenhouwersstraat te belanden (zie ook: Het Logegebouw).
In 1881 was La Flandre de enige werkplaats in heel de provincie West-Vlaanderen, vandaar de naam, het logejuweel en de kleuren goudgeel en zwart. De wapenspreuk of devies “Fluctuat nec mergitur” werd overgenomen van de stad Parijs (Il flotte mais ne sombre pas). La Flandre is ontstaan als liberaal en antiklerikaal kiesplatform en stond in nauw contact met de kiesvereniging “Association Libérale de Bruges”. Men moet dit situeren tegen de achtergrond van de beruchte schoolstrijd van 1879 tot 1884 tussen liberalen en katholieken. Men kon toen niet anders dan antiklerikaal worden. Zelfs nu is de scheiding tussen kerk en staat soms meer schijn dan werkelijkheid.
In 1881 was het Frans nog de voertaal (dit behoeft geen verwondering – ook de meeste publieke administraties waren toen Franstalig).
Als (toen) enige Loge in West-Vlaanderen vervulde La Flandre een pioniersrol en werd ze de Moederloge van verschillende andere West-Vlaamse Loges. Zo werd in 1906 in Kortrijk de loge ‘L’Amitié’ opgericht en steunde La Flandre de oprichting van de Loge Aurore (Droit Humain) in Brugge in 1930 en Les Trois Niveaux (GOB) in Oostende in 1932. Later volgden nog uitzwermingen zoals Simon Stevin in 1937, Tanchelijn in 1980, Het Vierde Punt in 1990 en Sub Rosa (Roeselare) in 2016.
Tot aan het losbarsten van de Eerste Wereldoorlog strijdt La Flandre tegen de klerikale overheersing, werken heel wat leden aan de uitbouw van het officieel onderwijs en het oprichten van een Brugse afdeling van de Belgische Werklieden Partij en het Humanistisch Verbond. Tijdens de oorlogsjaren 1914-1918 ligt de Brugse maçonnerie evenwel stil (zoals alle loges van het GOB).
In het interbellum is La Flandre zeer actief bij de uitbouw van de maçonnerie in West-Vlaanderen en breekt haar politiek-blauwe hegemonie met de inwijding van socialistische leden zoals Jules Wostyn en Achiel Van Acker. Deze laatste was bij zijn inwijding op 29 januari 1929 reeds gemeenteraadslid en volksvertegenwoordiger, maar zou later viermaal Premier van België worden.
Uit onvrede met de taalpolitiek (Franstalig werken) scheuren enkele leden zich in 1937 af en vormen de Nederlandstalige loge Simon Stevin (die afgestoten wordt door La Flandre en zich na de oorlog in Oostende zou vestigen). Vanaf 1938 tot 1971 zou het taalgebruik in de Loge afwisselend Frans en Nederlands worden.
Bij het naderen van de Nazis in 1940 worden de archieven van de Loge verbrand. Op 29 mei 1940, op de tweede dag van de Duitse bezetting van Brugge, doet de Geheime Feldpolizei een inval in de Loge op zoek naar ledenlijsten. Het gebouw wordt geplunderd. Vanaf 20 augustus 1941 zijn alle Loges ontbonden en alle maçonnieke bezittingen in beslag genomen. Tussen 8 en 22 februari 1942 worden de gebouwen van La Flandre voor het publiek opengesteld. Tegelijk verschijnen in het Brugsch Handelsblad anti-maçonnieke artikels met titels als: ‘Democratie en Vrijmetselarij’ en ‘De Anti-Vrijmetselarij tentoonstelling te Brugge’. Veel leden worden tijdens de oorlog vervolgd of gedeporteerd.
Na de oorlog moet La Flandre dan ook van nul beginnen : de “Tempel” is door de verwoesting onbeschikbaar en alle materiaal is verdwenen, … De Loges ‘l’Amitié’ uit Kortrijk en Les Amis Philantropes n° 2 uit Brussel springen materieel bij. Ook enkele kapitaalkrachtige leden van La Flandre doen het nodige. Op 3 maart 1945 worden de werkzaamheden hervat.
Er volgt een nieuw elan, al zijn er nog enkele twistpunten: zo wordt in 1953 met nipte meerderheid een aansluiting met de Angelsaksische of “reguliere” vrijmetselarij verworpen, wordt er in 1959 getwist over aansluiting bij de Grootloge van België (maar La Flandre blijft uiteindelijk bij het GOB) en wordt La Flandre pas op 23 oktober 1971 een Nederlandstalige Loge. Ook over het inwijden van vrouwen wordt sinds de jaren ‘70 gedebatteerd. Terwijl La Flandre in de jaren ‘90 een grote rol speelt bij de conventie (de erkenning) tussen het GOB en de Droit Humain (die gemengd werkt), duurt het tot 2012 vooraleer zij zelf alle zittingen voor het bezoek van vrouwelijke leden openstelt en tot 2020 voor ze zelf een gemengde Loge wordt (wat een einde stelt aan het 140 jaar louter mannelijk karakter van de loge).
Fluctuat nec Mergitur, het devies van de werkplaats, verwijst naar het standvastig en vastberaden vasthouden aan de traditie van het verlichtingsdenken, het zoeken naar waarheid en het streven naar geluk van de mens en de mensheid.